Está dedicada a Nuestra Señora de la Purísima Concepción y su historia se remonta a 1605 cuando el cabildo de la villa acudió ante el obispo de Yucatán, don Diego Vázquez de Mercado, para solicitar el remplazo de la iglesia parroquial que, además de estar en malas condiciones, resultaba pequeña. Unos años después, el gobernador y el obispo acordaron construir una nueva. Después de una serie de suspensiones por falta de recursos, fue hasta 1760 cuando se concluyó la ampliación hasta las dimensiones actuales, incluyendo la torre poniente conocida como “La Española”. La otra torre, “La Campechana” se erigió en 1850.

Cuenta con una capilla anexa dedicada a Jesús Nazareno la cual alberga en la actualidad un museo de arte sacro donde se exhiben diversas piezas que han sido parte de la colección de la catedral, entre las que destaca una urna que representa el Santo Entierro de Jesucristo.