Ubicado en el antiguo hospital del mismo nombre, cuenta con una sala permanente dividida en cinco módulos, para exponer piezas de la época prehispánica, de la Isla del Carmen, de montes y ríos, del mar, de los piratas y una sala para exposiciones fotográficas, pictóricas y escultóricas. Asimismo, posee una sala de juegos infantiles y oficinas administrativas.

Nota: Debido a la contingencia por COVID-19 el museo se encuentra temporalmente cerrado.